É o órgão colegial representativo da Faculdade e é composto por 15 membros: nove docentes ou investigadores, um estudante, quatro individualidades externas à Universidade NOVA de Lisboa e um funcionário não docente e não investigador. Compete ao Conselho de Faculdade, entre outras tarefas, eleger e destituir o Diretor, aprovar os estatutos da Faculdade e a sua alteração, propor ao Diretor processos de avaliação da Faculdade, propor auditorias à gestão da Faculdade e propor as iniciativas que considere necessárias ao bom funcionamento da instituição.

O Conselho de Gestão é o órgão de gestão administrativa, patrimonial, financeira e dos recursos humanos da Faculdade. É composto pelo Diretor, que preside; pelo Administrador Executivo da Faculdade; e por um a três vogais a nomear pelo Diretor de entre os docentes, investigadores ou pessoal não docente.

O Conselho Científico é o órgão de gestão científica da Faculdade e é constituído por quinze docentes e investigadores, dos quais doze membros eleitos, representantes do conjunto de professores e investigadores, e três membros representantes das unidades de investigação ligadas à NOVA FCSH. Compete ao Conselho Científico, entre outras tarefas, elaborar e propor o projeto estratégico científico da Faculdade, apreciar o plano de atividades científicas da Faculdade, pronunciar-se sobre os planos e relatórios apresentados pelos departamentos, deliberar sobre a distribuição do serviço docente, submetendo -a à homologação do Diretor, e pronunciar-se sobre a criação, a alteração e a extinção de ciclos de estudos.

O Conselho Pedagógico é o órgão de gestão pedagógica da Faculdade e é constituído por quatro membros representantes do corpo de docentes e quatro membros representantes do corpo dos estudantes, representativos dos três ciclos de estudos. Compete ao Conselho Pedagógico, entre outras tarefas, pronunciar -se sobre as orientações pedagógicas e métodos de ensino e de avaliação, promover a realização da avaliação do desempenho pedagógico dos docentes, através de inquéritos regulares, da sua análise e divulgação dos resultados dessa avaliação e apreciar as queixas relativas a problemas pedagógicos e aplicar os procedimentos necessários.

O Conselho de Estudantes é o órgão consultivo da Faculdade nas matérias que digam diretamente respeito à vida dos estudantes e é composto pelo Presidente da Associação de Estudantes, pelo representante dos estudantes no Conselho de Faculdade e por três membros eleitos. O Diretor pode consultar o Conselho de Estudantes relativamente à alteração de condições de prestação de serviços aos estudantes e demais assuntos que considere convenientes. O Diretor deve também consultar o Conselho de Estudantes relativamente a atos de indisciplina e outras perturbações da vida académica relacionados com os estudantes.