O curso de mestrado em Arqueologia é parte integrante da formação básica nesta área profissional, segundo a legislação em vigor. Habilita para a direção de trabalhos arqueológicos, tanto no domínio da arqueologia preventiva e de salvamento, como no desenvolvimento de projetos de investigação e valorização arqueológica. Permite, assim, uma saída para vários tipos de mercado de trabalho, na administração pública central, regional e local, nos centros de investigação, nas empresas, em cooperativas ou associações.

O curso permite adquirir formação aprofundada nas grandes áreas de especialização temática da arqueologia, abrangendo todos os períodos cronológicos do passado humano, bem como o desenvolvimento de metodologias transversais desta disciplina. Procurando capacitar para a generalidade das situações decorrentes do trabalho em arqueologia, desenvolvem-se áreas singulares no contexto do ensino superior em Portugal e na Europa.

O curso inclui formação teórica e prática nos seus vários níveis. Está intimamente ligado ao trabalho de unidades de investigação bem classificadas pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia. Permite, pois, o contacto com docentes, conferencistas convidados, investigadores e profissionais a trabalhar na NOVA FCSH, nacionais e estrangeiros. Apoia-se em projetos arqueológicos desenvolvidos em várias regiões de Portugal, mas também em missões arqueológicas internacionais. Assenta numa rede de protocolos com instituições estatais, regiões autónomas, autarquias locais, empresas, centros de investigação e associações, garantindo assim uma estreita ligação entre a universidade e o tecido profissional.