A NOVA FCSH tem como missão a excelência no ensino e investigação, baseada em três grandes compromissos: interdisciplinaridade, internacionalização e transferência de conhecimento para a sociedade.

Compete aos Órgãos de Gestão da NOVA FCSH coordenar e orientar a Faculdade na sua missão educativa, pedagógica, científica e cultural, bem como assegurar o planeamento e gestão administrativa e financeira da Faculdade.

A Garantia da Qualidade na NOVA FCSH rege-se pelos princípios que estruturam o Sistema Interno de Monitorização e Avaliação da Qualidade (NOVA SIMAQ) da Universidade NOVA, plasmados no Manual de Qualidade em desenvolvimento.

É o órgão colegial representativo da Faculdade e é composto por 15 membros: nove docentes ou investigadores, um estudante, quatro individualidades externas à Universidade NOVA de Lisboa e um funcionário não docente e não investigador. Compete ao Conselho de Faculdade, entre outras tarefas, eleger e destituir o Diretor, aprovar os estatutos da Faculdade e a sua alteração, propor ao Diretor processos de avaliação da Faculdade, propor auditorias à gestão da Faculdade e propor as iniciativas que considere necessárias ao bom funcionamento da instituição.