O CICS.NOVA tem como missão desenvolver investigação interdisciplinar inovadora e de alta qualidade que fomente o pensamento crítico nas Ciências Sociais e a elaboração de políticas. De acordo com estes princípios, é atribuída preponderância idêntica às investigações fundamental e aplicada, de um ponto de vista interdisciplinar, levando em conta a complexidade dos sistemas territoriais e do comportamento humano, as particularidades do funcionamento das instituições e a relação com os contextos espacial e social envolventes.

Os membros do CICS.NOVA estão organizados em Grupos de Investigação, os quais são liderados pelos respetivos Coordenadores. Os Grupos de Investigação são unidades funcionais de Investigadores que desenvolvem a sua atividade centrada em problemáticas e abordagens metodológicas referentes a temáticas comuns. Cada membro está vinculado apenas a um Grupo de Investigação.

Existem seis grupos de investigação que correspondem aos eixos da atividade científica do CICS.NOVA:

1: Desigualdades Sociais e Ação Pública

2: Cidadania, Trabalho e Tecnologia

3: Cidades, Ambiente e Desenvolvimento 

4: Sistemas de Modelação e Planeamento

5: Saúde, População e Bem-estar

6: Educação, Conhecimento e Cultura