O CICS.NOVA tem como missão o desenvolvimento da investigação científica em ciências sociais, com especial foco na sociologia e na geografia, a promoção do pensamento crítico e a integração do conhecimento gerado nas comunidades em que está inserido, a nível nacional e internacional. De acordo com estes princípios, o CICS.NOVA atribui um papel particularmente relevante tanto ao ensino e à formação avançada, como à cocriação e à transferência de conhecimento em articulação com decisores políticos, empresas e outras organizações da sociedade civil. O CICS.NOVA fomenta ainda a disseminação e a comunicação de ciência e conhecimento, por intermédio de uma forte presença na comunidade científica e no espaço público. Estes eixos de atividade são orientados pelo estudo interdisciplinar dos sistemas territoriais e do comportamento humano, as particularidades do funcionamento das instituições e as suas relações com os contextos espacial e social envolventes.

Os membros do CICS.NOVA estão organizados em Grupos de Investigação, os quais são liderados pelos respetivos Coordenadores. Os Grupos de Investigação são unidades funcionais de Investigadores que desenvolvem a sua atividade centrada em problemáticas e abordagens metodológicas referentes a temáticas comuns. Cada membro está vinculado apenas a um Grupo de Investigação.

Existem seis grupos de investigação que correspondem aos eixos da atividade científica do CICS.NOVA:

1: Desigualdades Sociais e Ação Pública

2: Cidadania, Trabalho e Tecnologia

3: Cidades, Ambiente e Desenvolvimento

4: Sistemas de Modelação e Planeamento

5: Saúde, População e Bem-estar

6: Educação, Conhecimento e Cultura